Zum 1. Dezember 1990 entstand mit dem Zusammenschluss eine gesamtdeutsche NGG. Der Hauptvorstand der NGG konzipierte für die neuen Bundesländer einen separaten Forderungsrahmen, in dem 60 Prozent des westlichen Tarifniveaus, eine kurze Laufdauer der Tarifverträge und die Senkung der Arbeitszeit auf 40 Wochenstunden bei vollem Lohnausgleich fixiert waren. Der Zuschnitt der Verwaltungsstellen, die im Wesentlichen der Aufteilung der früheren DDR-Bezirke folgte, blieb mit wenigen Änderungen erhalten. Die Landesbezirke der NGG wurden neu gegliedert: Mecklenburg-Vorpommern bildete zusammen mit Hamburg-Schleswig-Holstein den Landesbezirk Nord, Brandenburg zusammen mit Gesamt-Berlin den Landesbezirk Berlin-Brandenburg. Die drei weiteren Bundesländer bildeten einen neuen, den achten Landesbezirk Sachsen/Sachsen-Anhalt-Thüringen.
Im Jahr 1991 hatte die NGG durch die Erweiterung 431.211 Mitglieder – ein gewaltiger Zuwachs, der zu einem sehr großen Personalbedarf führte. Die Mitgliederzahl erwies sich jedoch nicht als nachhaltig und sank in den Folgejahren bis 2007 kontinuierlich ab, innerhalb von eineinhalb Jahren bis 1993 auf 355.863. Dies hatte vor allem damit zu tun, dass viele Mitglieder durch Rezession im Westen und durch die Treuhandpolitik im Osten arbeitslos wurden.
Während die Arbeitslosigkeit im Westen 1991 um zehn Prozent abnahm, stieg sie im Osten um 137 Prozent. Um 5,1 Prozent erhöhte sich die Zahl der Arbeitnehmer im Nahrungsmittel- und Genussmittelgewerbe im Westen. Im Osten waren 1992 gegenüber 1991 fast 36.000 Menschen weniger in den NGG-Branchen beschäftigt. Die Produktivität im Osten war rasant gestiegen. In der Zuckerindustrie übertraf sie die Produktivität des Westens um 100 Prozent.Die NGG produzierte Plakate, die für den Kauf von Lebensmitteln aus den neuen Bundesländern warben, etwa mit dem Spruch: „Ich kaufe Ost, nicht immer, aber immer öfter.“ und forderte, das Lohnniveau im Osten anzuheben.
Vielleicht durch den Wegfall der Systemkonkurrenz, aber auf jeden Fall durch verstärkten Wettbewerbsdruck und die Erosion der Arbeitgeberverbände, gerieten die Gewerkschaften in den 1990er-Jahren immer stärker in eine tarifpolitische Defensive. Flächentarifverträge wurden durch Unternehmens- und Haustarifverträge ersetzt, Tariferfolge mussten immer häufiger durch Arbeitskämpfe erzwungen werden. Von 1990 bis 1997 organisierte die NGG 426 Streiks und Urabstimmungen. 1989 hatte die NGG 1.830 aktuelle Tarifverträge im Bestand. Bis 1993 stieg diese Zahl auf 2.587, davon 545 in den neuen Bundesländern. Manteltarifverträge nahmen um 25 Prozent zu und bis 1993 stieg die Zahl der Einkommenstarifverträge um 16 Prozent. Davon waren 1.626 Verträge Firmen- oder Ortstarife.