Im Einsatz für die Republik kämpften die freien Gewerkschaften zusammen mit der SPD ab 1931 in der Eisernen Front gegen die Nationalsozialisten und deren Betriebszellenorganisation. Mit der Machtergreifung der NSDAP häuften sich Übergriffe auf Gewerkschafter und Volkshäuser. Obwohl die freien Gewerkschaften noch im Frühjahr 1933 die Betriebsratswahlen deutlich gewannen, verloren sie unter dem politischen Druck und Mitläufertum schnell an Bedeutung. Am 2. Mai 1933 stürmte die SA die Gewerkschaftshäuser. Das Gewerkschaftsvermögen wurde eingezogen und der neu gegründeten Deutschen Arbeitsfront übergeben. Nur wenige Gewerkschafter waren aktiv im Widerstand tätig, sie bildeten den Grundstock für den Wiederaufbau nach dem Krieg.
Mit dem schwierigen Erbe des Versailler Vertrages und der desaströsen Wirtschaftslage erhielten zu Beginn der 1930er Jahren radikale linke und rechte Parteien großen Zulauf. Diesem Würgegriff vor allem vom rechten Rand versuchten am Ende der Weimarer Republik die Gewerkschaften im Verbund mit der SPD in der „Eisernern Front“ zu begegnen. Freie, liberale und christliche Gewerkschafter kämpften dabei gemeinsam gegen die 1928 gegründete Nationalsozialistische Betriebszellenorganisation (NSBO).
Einigkeit. Organ des Verbandes der Nahrungsmittel- und Getränkearbeiter, Titelblatt Januar 1932.
Auf die Machtergreifung der NSDAP 1933 und deren radikales Vorgehen waren die Gewerkschafter trotzdem schlecht vorbereitet.
Nach der Reichstagswahl am 5. März 1933 häuften sich die Übergriffe auf Gewerkschafter, es kam zu zahlreichen Verhaftungen, Gewerkschaftshäuser wurden besetzt und verwüstet.
Die im Frühjahr 1933 laufenden Betriebsratswahlen verlor die NSBO zwar noch überraschend deutlich, die freien Gewerkschaften erhielten über 70 Prozent der Stimmen. Trotzdem verfehlten der politische Druck und das Mitläufertum ihre Wirkung letztlich nicht – bis Ende März waren aus dem Verband der Nahrungsmittel- und Getränkearbeiter 40.000 Mitglieder ausgetreten. Um gewerkschaftliche Entschlossenheit zu demonstrieren, bildeten Ende April 1933 die freien, christlichen und Hirsch-Dunckerschen Gewerkschaften den „Führerkreis der vereinigten Gewerkschaften“, der eine „nationale Organisation der Arbeit“ schaffen sollte. Der ADGB rief die Gewerkschafter auf, an dem von den Nationalsozialisten organisierten „Tag der Arbeit“ am 1. Mai 1933 teilzunehmen. Nur einen Tag später stürmte am 2. Mai 1933 die SA die Gewerkschaftshäuser in ganz Deutschland. Viele Funktionäre, darunter der ADGB-Vorsitzende Theodor Leipart, wurden verhaftet. Gegen Leipart ermittelte der Generalstaatsanwalt in Berlin wegen Untreue. Damit wurde auch die Beschlagnahme des Gewerkschaftsvermögens legitimiert, das kurz darauf der am 10. Mai gegründeten Deutschen Arbeitsfront (DAF) übergeben wurde.
Zahlreiche Maßnahmen der neuen NS-Regierung beschnitten Arbeitnehmerrechte: Die Mitbestimmung und die Tarifautonomie wurden reduziert, die Pflicht zum Arbeitsfrieden eingeführt, das Führerprinzip in der Wirtschaft verankert. Die Betriebsräte wurden nun vom Betriebsführer, also dem Unternehmer, geleitet, Arbeitnehmer waren gezwungen, sich in der DAF zu organisieren.
Einige Gewerkschafter gingen in den Untergrund, so im Amsterdamer Exil Fritz Saar, Vorsitzender des Zentralverbandes der Hotel- , Restaurant- und Café-Angestellten, oder Alfred Fitz, stellvertretender Vorsitzender des Verbandes der Nahrungsmittel- und Getränkearbeiter, der mit Hilfe der Internationalen Union der Organisationen der Arbeiterinnen und Arbeiter der Lebens- und Genußmittelindustrie (IUL), ein illegales Netzwerk aufbaute.
1935 gründeten freie und christliche Gewerkschafter, zunächst in der Tschechoslowakei, später in Großbritannien, die „Landesgruppe deutscher Gewerkschafter in Großbritannien“. Sie erarbeitete die ersten programmatischen Eckpunkte für einen Neuaufbau der Gewerkschaften in einem freien Deutschland.